Фамилия Халючкова — женская форма от Халючков, и её разговорное звучание сразу выдаёт диалектную или просторечную основу. В отличие от множества фамилий на -ов/-ев, образованных от полных церковных имён, эта явно выросла из прозвища или уменьшительной формы личного имени.

Корень здесь — Хал- или Халюк-. Скорее всего, в основе лежит имя Халя, которое в старину было краткой формой от крестильного имени Харитон (греч. «благодатный», «щедрый»). В быту Харитона могли звать Халей, Халюком, Халючкой — через суффикс -ук/-юк, характерный для украинских и южнорусских говоров. Суффикс -ючк- в данном случае не столько фамильный, сколько добавочный, образующий прозвищную форму: Халючко — это «маленький Халя», «сын Хали». Позже эта форма застыла в фамилии.

Вероятно, предок носителя фамилии был родом из западнорусских или украинских земель, где такие модели особенно распространены. В центральной России фамилию могли бы записать как Харитонов или Халютин, но вариант с -чк- указывает на более народную, неофициальную среду образования. Первым носителем мог быть крестьянин или посадский человек, которого в документах записали по уличному прозвищу — Халючко, то есть «Халя-младший» или просто «Халя».

Поскольку фамилия редкая и недворянская, её история — это история бытовой ономастики: прозвище, перешедшее в фамилию без вмешательства канцелярии. Встречается она в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях, а также на востоке Украины. Других версий, кроме связи с Харитоном, у этой фамилии нет — попытки вывести её из тюркских корней (например, слова «хал» — «родинка») маловероятны, так как суффикс -ючк- типично славянский.