Фамилия Хамидходжаева — характерный пример фамилии, образованной от сложного арабского имени с добавлением русского патронимического суффикса. Она происходит от мужского личного имени Хамидходжа, которое состоит из двух корней: «Хамид» (от арабского «хамид» — восхваляемый, достойный похвалы, один из эпитетов Аллаха) и «Ходжа» (от персидского «хваджа» — господин, хозяин, наставник, а в Средней Азии — также потомок пророка или уважаемое духовное лицо). Таким образом, имя Хамидходжа можно перевести как «восхваляемый господин» или «достойный похвалы наставник».

Суффикс «-ева» указывает на принадлежность: Хамидходжаева — дочь или жена человека по имени Хамидходжа. Это типичная для русской и многих славянских языков модель образования женских фамилий от мужских основ (ср. Иванов — Иванова, Петров — Петрова). Фамилия закрепилась в среде, где русская административная система смешивалась с местными тюркскими и персидскими традициями именования — прежде всего в Средней Азии, в Узбекистане, Таджикистане, а также среди выходцев из этих регионов.

Интересная деталь, которая отличает эту фамилию от многих других, — её двойная культурная природа. С одной стороны, основа «Хамидходжа» — это мусульманское теофорное имя, характерное для образованной и религиозной элиты (ходжи, муллы, купцы). С другой стороны, суффикс «-ева» — это русификация, возникшая в XIX–XX веках, когда при составлении метрических книг и паспортов местные имена записывали по русским шаблонам. Так фамилия стала маркером социального статуса предков: скорее всего, носитель имени Хамидходжа был уважаемым человеком в своей общине, возможно, религиозным деятелем или зажиточным ремесленником.

Встречаются и варианты написания — Хамидходжаев (мужская форма), реже Хамид-Ходжаева. Фамилия редкая за пределами Узбекистана и Таджикистана, поэтому в русском контексте она почти всегда указывает на среднеазиатское происхождение. Споров о происхождении корней нет: арабский и персидский компоненты хорошо задокументированы в ономастических работах, например, у Б. Унбегауна в разделе о фамилиях, образованных от восточных имен.