Фамилия Хамикаева происходит от мужского имени Хамикай, которое, в свою очередь, восходит к арабской основе Хами — «защитник», «хранитель». Так что в самом корне фамилии заложено уважительное прозвище, указывающее на защитника семьи или рода.

Особый интерес представляет элемент -кай. Это тюркский ласкательный суффикс, который часто добавляли к именам, чтобы подчеркнуть близость, уважение или уменьшительно-ласкательное отношение. В восточных именах он встречается довольно часто, и его наличие делает имя Хамикай не просто «защитником», а скорее «дорогим защитником» или «защитничком». Такая форма нередко закреплялась за человеком в быту, а позже переходила в фамилию.

Модель образования фамилии Хамикаева — типичная для русских фамилий, образованных от восточных имен: к основе Хамикай добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкой согласной). Такую схему использовали при формировании фамилий народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, когда в документах фиксировали имя отца.

Процесс закрепления фамилий у восточных народов был долгим и неравномерным. Иногда фамилии фиксировали при переписи, иногда — при получении паспортов в советское время. Поэтому точно сказать, когда именно возник род Хамикаевых, без генеалогического исследования нельзя, но сама структура фамилии указывает на то, что её носители происходят из среды, где смешались арабская письменная традиция и тюркская устная культура.

Стоит отметить, что ударение в фамилии может падать на второй слог — Ха́микаева, хотя в разговорной речи встречаются варианты. Написание с буквой «е» в суффиксе — стандартное для русской орфографии, хотя в документах иногда встречается вариант Хамикаева с «а» в окончании, что связано с особенностями передачи тюркских звуков на письме.