Фамилия Ханбабаев — яркий пример тюркско-персидского именослова, закрепившегося в русской фамильной системе. Её основа составная: «хан» и «баба». «Хан» — титул верховного правителя, владыки, восходящий к тюркским языкам. «Баба» в тюркских и иранских языках означает «отец», «дед», а также может быть почтительным обращением к старшему, святому или наставнику (ср. «бабай»). Сложное имя Ханбаба, от которого образована фамилия, буквально переводится как «хан-отец» или «владыка-дед». Вряд ли оно было реальным титулом: скорее, это составное личное имя, популярное у народов Кавказа и Средней Азии. Родители могли дать его сыну, желая ему авторитета и мудрости старшего, или в честь почитаемого предка.

Фамилия образована по русской модели: к основе Ханбаба добавили патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Типичный вопрос: почему не Ханбабаев, а Ханбабаев? Потому что в исходном имени «баба» оканчивается на «а», но в русской традиции такие основы часто оформлялись суффиксом -ев, а не -ин (сравните: Кузьма — Кузьмин, но Варфоломей — Варфоломеев). Для восточных имён на «а» выбор суффикса мог колебаться, но закрепился именно -ев, что и дало форму Ханбабаев.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически сильны тюркские языки и исламская культура: Азербайджан, Дагестан, реже — Чечня и другие республики Северного Кавказа. Встречается она и у народов Средней Азии, но с несколько иным произношением. В русском написании фамилия устойчива, хотя в советских документах возможны варианты с одной «б» (Ханабаев) — это следствие упрощения при записи или смешения с топонимом Ханабад.

Сословная принадлежность первых носителей не прослеживается: составное имя Ханбаба не было маркером знатности, его могли носить и крестьяне, и горожане. Скорее, это указание на уважаемого старшего в роду, а не на реального хана. В ономастических справочниках фамилия нечастотна, что делает её хорошим маркером конкретной семейной истории, уходящей корнями в дореволюционный Кавказ или Закавказье.