Фамилия Хандышанов — редкий случай, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем разбор корня. Носители фамилии сосредоточены в Астраханской области и Республике Калмыкия, что сразу указывает на тюркские или монгольские корни. Если бы фамилия была русской по происхождению, мы бы ожидали суффикс -ов/-ев при основе на согласный, но здесь мы видим формант -ан-ов, типичный для фамилий, образованных от тюркских личных имен.

Основа «Хандышан» — это, скорее всего, искаженное калмыцкое или ногайское имя. Вероятнее всего, в основе лежит слово «хан» (властитель, правитель) с добавлением уменьшительно-ласкательного суффикса «-дыш» или «-шан», что в тюркских языках может давать значение «маленький хан», «ханёнок» или «сын хана». Встречается и версия, что Хандышан — это вариант имени Хандыш (Хан-Дыш), где вторая часть означает «враг» или «чужой», то есть «враг ханов» — такое прозвище могли дать воину из противоборствующего рода. Третья, менее правдоподобная гипотеза связывает фамилию с калмыцким словом «ханд» (рукав одежды) — вряд ли прозвище по части одежды стало основой для столь редкой фамилии.

Суффикс -ов в конце — чисто русский патронимический формант, который добавили при оформлении фамилии в русском делопроизводстве. То есть носитель фамилии — потомок человека по имени Хандышан (или Хандыш), которого в метриках записали с русским окончанием. По сословной принадлежности предки Хандышановых, скорее всего, были астраханскими татарами, калмыками или ногайцами, перешедшими в оседлость и принявшими русскую фамильную модель в XIX — начале XX века. Фамилия не дворянская и не купеческая — она встречается в среде крестьян и казаков низового Поволжья.

Сравните с однокоренными фамилиями: Хандышев (та же основа, но без суффикса -ан) и Ханданов (с другим суффиксом). Все они — следы одного ареала и указывают на то, что предки жили в зоне контакта русского и тюрко-монгольского миров, где личные имена переходили в фамилии с минимальной переделкой.