Фамилия Ханхабаева — женская форма мужской фамилии Ханхабаев. Её основа, судя по всему, тюркского происхождения и связана с двумя корнями: «хан» (господин, правитель, вождь) и «хаба» (или «хаб»). Второй корень может восходить к арабскому «хабиб» — «любимый, друг», либо к тюркскому «хаба» — «вести, известие, новость». Таким образом, исходное имя или прозвище Ханхаба могло означать «хан-любимец», «хан-друг» или «весть от хана». Первая версия выглядит правдоподобнее: сложение двух титульно-почётных компонентов типично для тюркской антропонимии, где имя нередко было пожеланием высокого положения или уважения.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или -а/-я. В данном случае основа «Ханхаба» дала форму Ханхабаев, что указывает на то, что носитель фамилии — потомок человека по имени или прозвищу Ханхаба. Суффикс -ев — один из самых распространённых в русских фамилиях, но здесь он наложился на нерусскую основу, что характерно для фамилий народов Поволжья, Урала и Сибири, длительное время живших в контакте с русским населением.

Географически фамилия Ханхабаева наиболее вероятна у бурят, калмыков или народов Дагестана, где распространены имена с компонентом «хан» и арабские заимствования. Встречается она и у казахов, башкир, татар. В русских переписях и метрических книгах эта фамилия фиксируется с XIX века, но массово не распространена. Редкость суффиксальной модели (основа на -а + -ев) и нестандартное сочетание корней делают фамилию Ханхабаева хорошим маркером для генеалогического поиска: если предки носили её, они почти наверняка происходят из среды, где смешивались тюркская, монгольская и арабская традиции имянаречения.