Фамилия Ханмагомаев — одна из тех, где верный разбор начинается не с корня, а с цепочки имён. В основе лежит арабское имя-композит Ханмагомед, где первая часть «хан» — тюркский титул верховного правителя, а вторая «Магомед» — один из вариантов произношения имени пророка Мухаммеда. Сложили их в одно имя на Северном Кавказе, скорее всего, в кумыкской или дагестанской среде, где тюркские и арабские элементы легко соединялись в личных именах. Ханмагомед буквально значило «хан Мухаммед» — имя-пожелание, чтобы мальчик сочетал власть и духовное достоинство.

Русский суффикс -ев (вместо -ов после мягкого согласного «д») добавили при оформлении фамилии в документах Российской империи. Так Ханмагомед превратился в Ханмагомаева — по той же модели, что и, скажем, Абдуллаев или Магомедов. Собственно, это один из характерных примеров, как имена народов Дагестана и Чечни адаптировались к русской паспортной системе в XIX–XX веках: исходное отчество закрепилось как наследственная фамилия.

Встречается фамилия почти исключительно у народов нахско-дагестанской языковой семьи — чеченцев, аварцев, кумыков, лезгин. Географически ядро — южные регионы России, особенно Чечня и Дагестан, реже — Ставропольский край и Астраханская область, куда люди переселялись в советское время. В самой Чечне, по полевым данным этнографов, носители фамилии чаще всего относятся к тейпу (роду) Зандакой или к отдельным гар (ветвям) внутри крупных тейпов, но единого родового гнезда нет — имя Ханмагомед давали в разных обществах.

Ударение в фамилии плавающее: носители из равнинного Дагестана часто говорят Ханмагома́ев (с ударением на «а» в середине), а чеченцы — Ханмагомае́в (на последний слог). В официальных документах и словарях закрепился второй вариант, хотя оба встречаются в устной речи.