Фамилия Ханмагомедов образована от мужского тюркского имени Ханмагомед. Первая из них восходит к древнетюркскому «хан» - «правитель, повелитель». Вторая часть ведет свое начало от имени Магомед, диалектной формы арабского имени Мухаммет - «восхваляемый, прославляемый». Таким образом, потомок человека, которого звали Ханмагомед, со временем получил фамилию Ханмагомедов.