Фамилия Ханонкина — женская форма фамилии Ханонкин, и ее разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдает способ образования. Суффикс -ин (в мужском варианте -ин, в женском -ина) указывает на принадлежность: Ханонкин буквально значит «чей?» — сын или потомок человека по имени или прозвищу Ханонка. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от уменьшительных форм личных имен.

Основа Ханонка — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательный вариант еврейского личного имени Ханон. Имя Ханон (от ивритского חנון — «милостивый») встречается в еврейской традиции, хотя и не так часто, как, скажем, Хаим или Абрам. В русскоязычной среде, особенно в черте оседлости (территории современных Украины, Беларуси, Молдовы и западных областей России), такие имена адаптировали через добавление славянских суффиксов: Ханон превращался в Ханонку, а оттуда уже в фамилию. Суффикс -к- в основе указывает на уменьшительность, характерную для бытового общения.

Версия о чисто славянском корне маловероятна. В русских говорах слова «ханон» или «ханонка» не зафиксированы ни как нарицательные, ни как прозвища. Поэтому связь с еврейским именем — единственное обоснованное объяснение. Фамилия Ханонкин (и Ханонкина) — пример того, как иноязычное имя обрастало славянскими окончаниями, чтобы вписаться в систему русских фамилий.

Географически фамилия редкая. Встречается преимущественно в тех регионах, где исторически жили еврейские общины: в Беларуси, на Украине, а также в Москве и Санкт-Петербурге как результат миграции. Поскольку фамилия образована от имени, а не от профессии или места, предки носительницы Ханонкиной могли быть людьми любого сословия — от ремесленников до торговцев, но с высокой вероятностью принадлежали к еврейскому населению местечек.

Единственная деталь, которая выделяет эту фамилию среди десятков похожих (вроде Хаимкина или Беркина), — редкое имя-основа. Ханон — не самое распространенное имя даже в еврейской среде, поэтому фамилия Ханонкина встречается в единичных семьях, и носители, скорее всего, состоят в отдаленном родстве друг с другом.