Фамилия Ханунова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Ханунов, образована по классической русской модели с суффиксом -ов. Эта модель в XVI–XIX веках массово закрепила за потомками имя или прозвище отца. Вопрос в том, что легло в основу: тюркское личное имя или прозвище, связанное с бытом.

Самая прямая версия — от тюркского имени Ханум. В татарском, башкирском, казахском и других тюркских языках «ханум» означает «госпожа», «знатная женщина», но также использовалось как женское имя или уважительное обращение. Фамилия на -ов, образованная от женского имени, — не редкость в среде, где чтили память матери или бабушки, особенно если женщина играла заметную роль в семье. В таком случае Ханунов — буквально «сын Ханум».

Есть и более бытовая версия: в южнорусских и украинских говорах «хануня» или «хануля» — ласковое обращение к ребёнку, избалованному, капризному человеку. Слово могло звучать иронично, закрепляясь за тем, кого так дразнили. Тогда прозвище Хануня перешло в фамилию через отчество.

Написание с одной «н» (Ханунов, а не Ханнунов) указывает на то, что основа не арабская «ханна» (хна), а именно тюркская или славянская лексема. Фамилия редкая, её география тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением — Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, а также к казачьим областям, где тюркские заимствования в быту были обычны. Однозначно сказать, что первично — имя или прозвище — сложно, но тюркская версия выглядит весомее из-за распространённости имени Ханум в Поволжье.