Фамилия Хапуженкова — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. Женская форма на -ова здесь нестандартна: основа заканчивается на -енк, а не на типичное -к. Мужской вариант — Хапуженков. Такое окончание (суффикс -енков) характерно для фамилий, образованных от прозвищ с уменьшительным суффиксом -енко, которые были особенно распространены на юге России, в частности на Слобожанщине и в Черниговской губернии. В русской традиции фамилии на -енко часто адаптировали под московскую норму, добавляя -ов, получая форму на -енков. Таким образом, предок носителя фамилии мог быть выходцем с территории современной Украины или южных областей России.

Основа фамилии — «Хапуженк(о)». Само слово «хапуженко» в русских говорах не зафиксировано, но его можно разложить на корень «хапуж-» и суффикс -енко. Корень «хапуж» — это, скорее всего, вариант прозвища «Хапуга» или «Хапун». В диалектах «хапать» означало «хватать, брать жадно, воровать». Прозвище Хапуга давали человеку жадному, хватающему всё без разбора, либо, в ироничном ключе, проворному и расторопному. Суффикс -уж(а) в прозвищах (сравните «ворюга», «хапуга») придаёт оттенок грубоватой, неодобрительной характеристики. Форма «Хапуженко» — это уменьшительно-уничижительное производное от «Хапуга», буквально «сынок Хапуги» или «маленький Хапуга».

В ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) подобные модели описываются как типичные для украинской и южнорусской антропонимии: прозвище на -уга → патроним на -енко → русская фамилия на -енков. При этом в самой фамилии «Хапуженкова» сохранился исходный украинский суффикс -енк, что говорит о том, что семья могла долго сохранять южную идентичность или фамилия была записана в документах в «чистом» виде, без русификации.

Альтернативная версия, что корень связан с тюркским «хапуж» (что-то вроде «мешочек» или «сума»), маловероятна: таких слов в тюркских языках, близких к русскому ареалу, не обнаружено. Скорее всего, перед нами чисто славянское прозвище, отражающее характер или поведение человека. Носитель фамилии мог быть потомком крестьянина или казака, получившего нелестное, но меткое прозвище за свою хватку.