Фамилия Харашкина образована от прозвища или мирского имени Харашка. В её основе лежит тюркское слово «кара» — «чёрный». В русских говорах и в документах XVI–XVII веков нередко встречается форма «Хара» как вариант имени Кара, а уменьшительный суффикс -шк- (Харашка) придаёт прозвищу оттенок ласкательности или принадлежности к младшему в семье. Таким образом, Харашка — это «чёрненький», то есть человек со смуглой кожей, тёмными волосами или, в переносном смысле, невезучий, «чёрный» в значении простой, незнатный.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность, буквально «дочь Харашки» или «жена Харашкина». Первоначально фамилия закрепилась за женщиной (Харашкина), а затем стала передаваться по наследству в неизменной форме. В мужском варианте фамилия звучала бы Харашкин, но женская форма сохранилась как основная, что бывает в семьях, где родоначальницей была вдова или дочь, получившая земельный надел.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в Поволжье и на Урале, где исторически сильны тюркские заимствования в русских говорах. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования на -шк- рассматриваются как уменьшительные от тюркских корней, но прямого упоминания Харашкиной нет — это локальная, не попавшая в общерусские списки фамилия.

Другая, менее вероятная версия возводит основу к древнерусскому «харатья» (пергамен, грамота) — тогда Харашка мог быть прозвищем писца или грамотея. Но для этого корня типичнее суффикс -ьев или -ов (Харатьев), а -шк- здесь нехарактерен, поэтому версия с «чёрным» выглядит убедительнее.

В современном бытовании фамилия сохраняет связь с прозвищным прошлым: её носители могут и не подозревать, что их предка когда-то назвали «чёрненьким» за внешность или за характер.