Фамилия Харитоова — редкий и показательный случай, когда на письме закрепилась нестандартная огласовка. Привычная форма — Харитонов, через суффикс -ов. Здесь же мы видим основу Харито- и суффикс -ов, но без привычного «н» между ними. Вероятнее всего, перед нами диалектное или бытовое произношение: в живой речи фамилию могли произносить как «Харито́ва», а на письме, при оформлении документов, записали по слуху, «стянув» звуки. Такие варианты встречаются в северных и сибирских говорах, где окончания и суффиксы редуцируются.

Основа фамилии восходит к крестильному имени Харитон (от греческого «харис» — милость, благодать). Имя было распространено в крестьянской и купеческой среде, особенно в XIX веке. Соответственно, Харитоов — буквально «сын Харитона» или «из семьи Харитона». Учитывая, что перед нами нестандартная запись, можно предположить, что предки носителя фамилии были малограмотными или жили в местности, где писарь записывал фамилию на слух, не сверяясь с церковными метриками.

Географически фамилия Харитоова — редкость. В современных телефонных справочниках и базах данных она встречается единично, чаще всего в варианте Харитонова. Если искать её корни, стоит обратить внимание на Вологодскую, Архангельскую области или Пермский край — именно там фиксируются «усечённые» формы отчеств и фамилий. Сословно, скорее всего, это бывшие государственные или помещичьи крестьяне: фамилии на -ов без дополнительных дворянских суффиксов (-ский, -ич) типичны для непривилегированных слоёв.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Харитонов, Харитошин, Харитонычев) показывает, что Харитоова — не ошибка, а диалектный вариант. В ономастике такие формы называют «фонетическими дублетами». Они ценны тем, что сохраняют живую речь прошлого: предки этого человека, скорее всего, говорили «Харито́в сын», а не «Харитонов сын», и писарь зафиксировал именно то, что слышал.