Фамилия Хархуил — редкий случай, когда в основе лежит не славянское, а, скорее всего, тюркское или арабское имя, прошедшее через русскую народную переделку. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский, эта застыла в форме, близкой к исходному прозвищу, без патронимического суффикса. Такое оформление встречается у фамилий украинского или южнорусского происхождения, а также у тех, что были записаны «с голоса» в переписных книгах.

Самая правдоподобная версия возводит основу к мужскому имени Хархал (или Хархул). В тюркских языках, особенно у народов Кавказа и Поволжья, «хархул» или «хархал» могло означать «петух» или «крикливый, горластый». Прозвище давали либо человеку с громким голосом, либо задиристому, бойкому по характеру. В арабском языке есть корень, связанный с понятием «стражник» или «хранитель» (харис), но в русском быту он мог исказиться до «Хархуила» через добавление типичного для народной этимологии окончания.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным словом «харх» — хрип, кашель, или «хархать» — откашливаться. Тогда Хархуилом могли прозвать человека с хриплым голосом или больного горлом. Однако против этого говорит редкость такого словообразования: прозвища от глаголов обычно давали в форме повелительного наклонения (Держи, Хватай), а не от основы с суффиксом -ил.

Географически фамилия встречается точечно, преимущественно в южных областях России — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также среди донских и кубанских казаков. Это подтверждает версию о тюркском заимствовании: казаки часто перенимали прозвища у соседних народов. Сословно носители, скорее всего, были из крестьян или казаков, так как фамилии без суффикса редко встречались у дворянства.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Хархалов, Хархунов) показывает, что основа Харх- в русском ономастиконе всегда тяготеет к прозвищам, связанным со звуками или характером. Фамилия Хархуил — одна из самых архаичных и нестандартных в этом ряду, сохранившая почти нетронутым исходное слово, которое в современном русском языке уже не употребляется.