Фамилия Хармонена — редкий случай для русского ономастикона, и её происхождение почти наверняка не связано с привычной славянской моделью. Скорее всего, перед нами фамилия, которая попала в русский контекст из финно-угорской среды, а точнее — из карельского или финского языка. Суффикс -ен в конце, как в фамилиях Хармонен, Партанен, Корхонен, — типичный патронимический показатель для восточной Финляндии и Карелии, означающий «сын такого-то» или просто принадлежность к роду. Таким образом, Хармонена — это, вероятно, русифицированная форма фамилии Хармонен, где окончание -а появилось под влиянием русской грамматики (родительный или именительный падеж женского рода).

Основа фамилии — Хармо — восходит к карельскому или финскому прозвищу или имени. Самая прямая версия: от слова «harmo» или «harmaa» — «серый». В карельских диалектах «harmo» могло означать «серый конь» или «серый зверь», а также быть прозвищем человека с седыми волосами или неброской внешностью. Менее вероятная, но возможная связь — с личным именем Хармо, которое в финской традиции иногда считают сокращением от библейского Иероним (Hieronimus) через шведское Harm. В любом случае, корень не славянский и не немецкий, а именно прибалтийско-финский.

По географии фамилия Хармонен (и её варианты) встречается в основном в Республике Карелия, Ленинградской области и среди ингерманландских финнов. Написание «Хармонена» вместо «Хармонен» — верный признак того, что носитель живёт в русскоязычной среде, где фамилию склоняют как существительное женского рода или фиксируют в родительном падеже (например, в документах «Анна Хармонена»). Если же фамилия досталась по мужской линии, то исходная форма — Хармонен, и её предки были, скорее всего, карельскими или финскими крестьянами, рыбаками или лесорубами, жившими на границе двух культур.

Среди известных носителей фамилии Хармонен — советский и российский спортсмен, чемпион мира по самбо и дзюдо, но это уже частный случай, а не определяющая черта. В целом же фамилия Хармонена — это не загадка из глубины веков, а прозрачный маркер карельского или финского корня, который сохранил в себе и цветовую характеристику предка, и его этническую принадлежность.