Фамилия Харпонин — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с орудием труда, но не с тем, что приходит на ум первым. Вопреки ожиданию, корень здесь не от гарпуна (который в русском языке закрепился позже и через западное посредничество), а от слова «харпун» или «арпун» — так в северных русских говорах, особенно в Поморье, называли багор, железный крюк на длинной рукояти. Им не били китов, а цепляли, подтягивали и вытаскивали сети, брёвна при сплаве или тяжёлые предметы из воды.

Модель образования проста: основа «Харпон» плюс типичный русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — харпонин, то есть сын или потомок Харпона. Само прозвище Харпон, скорее всего, получил человек, который постоянно пользовался таким крюком — рыбак, сплавщик леса, портовый грузчик или ремесленник, работавший у воды. В ономастическом словаре Б. Унбегауна подобные «орудийные» фамилии (Топорин, Багров, Крюков) описаны как характерные для людей, чья профессия была на виду и давала окружающим готовое прозвище.

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу и Сибири, куда поморские промыслы принесли говор. Встречаются варианты написания «Арпонин» (с аканьем) и «Харпунин», но форма через «о» — исходная, поскольку в северных говорах ударение падало на первый слог: ха́рпон. Сословной привязки нет: Харпонины могли быть и государственными крестьянами-рыбаками, и мещанами из портовых городов, но в дворянские роды фамилия не попала — в «Общем гербовнике» она не значится. Единственная известная историческая фигура — это, скорее всего, вымысел или случайное совпадение: никаких знаменитых Харпониных в энциклопедиях не зафиксировано, что только подтверждает её глубоко народное, локальное происхождение.