Фамилия Харпухаева — редкий пример, где географический ключ важнее лингвистического. Её основа почти наверняка ведёт в осетинскую или ингушскую среду, хотя записана фамилия по русской патронимической модели.

Словообразовательная схема здесь смешанная: корень «Харпух-» (или «Харп-») + суффикс «-аев» (-а + -ев). Суффикс «-аев» типичен для фамилий, образованных от имён или прозвищ на тюркских и кавказских языках, которые русифицировались через форму «-а(о)» в основе. По той же модели сложились, например, фамилии Боташев, Кодзаев. В русской ономастике такой суффикс указывает на «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище заканчивалось на гласный.

Самая вероятная версия происхождения корня — от осетинского личного имени Харпух или Харпых. В осетинском языке «хар» (хъар) может означать «чёрный» или «тёмный», а «пух/пых» — «обильный», «пышный». Вместе имя могло иметь значение «чёрный, но обильный» или быть прозвищем по внешности (смуглый, коренастый). В ингушском языке есть близкое слово «харпа» — «быстрый», «резкий», что тоже могло стать основой для прозвища.

Менее убедительная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским «харпух» — разновидность сокола или ястреба. В таком случае прозвище дали бы охотнику или человеку с острым, хищным взглядом. Однако эта гипотеза слабее: фамилия не встречается в массовых списках тюркских народов (татары, башкиры, кумыки), а сосредоточена именно в северокавказском регионе.

По данным современных телефонных справочников и баз, фамилия Харпухаева почти не встречается за пределами Северной Осетии и Ингушетии. Это указывает на узколокальное бытование: предки носителей, скорее всего, жили в горных селениях, где фамилия закрепилась за одним родом. Сословно — это, вероятно, потомки свободных общинников или узденей (в осетинской иерархии), а не князей или рабов. Документальных свидетельств о дворянстве или известных исторических фигурах с такой фамилией нет.

В написании возможны варианты: Харпухаев (мужская форма) и Харпухаева (женская). Ударение, судя по произносительной практике носителей, падает на второй слог: Харпу́хаева. Это отличает фамилию от похожих по звучанию, но иноязычных по корню (например, Харпу́нов — от русского «харпун»).