Фамилия Харубкин — редкий пример, где корень, скорее всего, тюркский, а суффикс — русский, причём не самый частый. Основа «Харуб» (или «Харубк») не имеет прямого значения в русском языке, но хорошо ложится на тюркские прозвища и личные имена. Наиболее вероятная версия: от тюркского «харуб» или «каруб» — «старый, дряхлый, изношенный». В тюркских языках это слово могло быть прозвищем пожилого человека, либо, по обычаю «охранительных имён», давалось ребёнку, чтобы отвести от него сглаз и болезни — мол, «старый» и «никому не нужный», значит, злые духи не позарятся. Вторая версия, менее убедительная, выводит корень из арабского «харруб» (рожковое дерево), но для фамилии на русской почве такое объяснение выглядит натянутым.

Суффикс «-кин» указывает на модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на «-ка» или «-ко»: Харубка → Харубкин. В старых документах фамилия могла писаться как Харубкин или Хорубкин — через «о» в первом слоге, что характерно для акающих говоров юга России и Украины. Встречается она в основном в южных регионах бывшей Российской империи — в Ростовской области, Краснодарском крае, на Украине. Там же, в зоне контакта с тюркскими народами (ногайцы, крымские татары), прозвища такого типа были обычны.

Интересно сравнить Харубкина с фамилиями на ту же модель: Якубкин, Хабибкин, Абдулкин. Все они образованы от тюркских или арабо-тюркских имён с помощью русского патронимического суффикса. Это говорит о том, что предок Харубкина, скорее всего, был крещёным татарином, башкиром или выходцем из тюркской среды, который получил фамилию по отцу — Харубке. Сословно это могли быть государственные крестьяне или однодворцы, жившие на южных рубежах России.

В словарях фамилия не зафиксирована у известных дворянских родов, и в дореволюционных справочниках её практически нет. Это типичная «народная» фамилия, сложившаяся в XVIII–XIX веках. Сегодня Харубкины встречаются редко, что делает фамилию хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носитель этой фамилии, ваши предки почти наверняка жили в зоне русско-тюркского пограничья, а корень имени уводит в тюркскую степь.