Фамилия Хайкунова — женская форма, а её мужской вариант — Хайкунов. Это относительно редкая фамилия, и её разбор требует внимания к основе, которая не лежит на поверхности.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- (в женском роде -а) указывает на типичную русскую модель «чей?» — «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». Вопрос в корне. Основа «Хайкун» — неканоническое имя или прозвище. Вероятнее всего, оно восходит к тюркскому или монгольскому пласту. В тюркских языках «хай» (или «кай») может означать «скала», «утёс» или «твёрдый», а «кун» — «солнце» или «день». Таким образом, «Хайкун» могло быть личным именем со значением «каменное солнце» или «крепкий, как скала». В монгольских языках «хай» встречается в составе имён как указание на крепость и надёжность.

Вторая гипотеза, менее вероятная, но возможная: связь с тюркским словом «кайгун» — «печаль», «горе». Тогда прозвище могло закрепиться за человеком с мрачным или задумчивым нравом. Однако в таком случае ожидалась бы форма Кайгунов, а не Хайкунов. Появление звука «х» вместо «к» — явление, характерное для южнорусских говоров и некоторых тюркских диалектов (например, в башкирском или татарском), где «к» перед гласными часто переходит в «х».

Географически фамилия Хайкунов/Хайкунова встречается в Поволжье и на Южном Урале, в зоне смешанного русско-татарского и русско-башкирского населения. Предки современных носителей, скорее всего, были крещёными татарами или башкирами, получившими фамилию по имени или прозвищу родоначальника. Сословно это могли быть государственные крестьяне или казаки — среда, где охотно приживались нестандартные прозвища.

В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывают на дворянское или географическое происхождение, Хайкунова — фамилия народная, бытовая, образованная от личного имени, которое в русской среде не прижилось, а осталось как родовой знак.