Фамилия Хайнарбаев — редкий пример, где основа не славянская и не тюркская в привычном понимании, а восходит к арабскому имени через казахскую или башкирскую языковую среду. Разбирать её удобнее с корня «Хайнар»: это не имя в чистом виде, а диалектная форма арабского имени Хайрулла (от «хайр» — благо, добро и «Аллах»). В тюркских языках, особенно в казахском и башкирском, имя могли произносить как Хайнар или Хайнур, стягивая два слога в один. Суффикс «-баев» — типичная модель для фамилий, образованных от имени отца: «-бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», но в фамилиях он превратился в формальный патронимический показатель, как русское «-ов». Получается: «сын Хайнара» или «потомок того, кого звали Хайнар».

Географически фамилия тяготеет к южным и западным регионам Казахстана, а также к Башкортостану. Встречается она редко, что говорит о локальном бытовании: скорее всего, родоначальник был из небольшого рода, где имя Хайнар передавалось как родовое прозвище. В документах XIX — начала XX века, когда у казахов и башкир массово фиксировали фамилии по отцу, форма «Хайнарбаев» закрепилась за теми, чей отец (или дед) носил имя Хайнар. Важно не путать её с фамилией Хайруллин: у последней корень другой — полное арабское имя, а не стяжённая форма.

Из-за редкости фамилии в открытых источниках почти нет известных носителей, внесших вклад в науку или культуру, — это не делает её менее интересной для этимолога. Она показательна как пример того, как арабское имя, пройдя через тюркскую фонетику (потеря слога «улла» и замена на «-ар»), стало основой для патронимической фамилии. Если сравнивать с однокоренными, например, Хайнаров (без «-бай»), то Хайнарбаев более архаичен: он сохранил полную форму с компонентом «бай», который в современных фамилиях часто опускают. Социально носители, вероятно, были из среды скотоводов или земледельцев, но сословных отметок фамилия не несёт — в казахском обществе фамилии по отцу не указывали на аристократическое происхождение.