Фамилия Хчоян — армянская, и её разговор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу выдаёт происхождение. Окончание -ян (в старой орфографии -янц) — типичный патронимический суффикс в армянском языке, означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». То есть Хчоян — это «из рода Хчо». Такая модель образования фамилий сложилась у армян в основном к XVII–XIX векам, хотя отдельные примеры встречаются раньше.

Основа фамилии — Хчо — скорее всего, восходит к армянскому слову «хч» (խչ) или его производным. В армянском языке существует корень «хч-», связанный со значением «колоть», «резать», «сечь». Отсюда, например, слово «хчел» (խչել) — «резать», «разрезать». Поэтому первая и самая вероятная версия: прозвище Хчо дали человеку, который занимался резьбой — по дереву, по камню или, что для Армении исторически характерно, был камнерезом, скульптором, резчиком хачкаров. Хачкары — крест-камни, традиционные армянские стелы с орнаментом, и ремесло их создания было уважаемым и передавалось по наследству. Предок Хчоян мог быть мастером-резчиком.

Вторая, менее распространённая версия, связывает основу с диалектным или личным именем Хчо, которое могло быть сокращением от более длинного имени, например, Хчоянц — но это уже логический круг. В армянской антропонимике есть группа фамилий, образованных от прозвищ по действию или занятию, и Хчоян вписывается в этот ряд.

Географически фамилия Хчоян чаще всего встречается среди армян, исторически связанных с Западной Арменией (территория современной восточной Турции) и районами, откуда после геноцида 1915 года армяне расселились по всему миру — в Россию, США, Францию, Ливан. В России фамилия фиксируется в Краснодарском крае, Ростовской области, Москве — в регионах с крупными армянскими общинами.

Сословно носители фамилии Хчоян в основном были ремесленниками, крестьянами или мещанами — армянская знать (мелики, князья) имела фамилии с суффиксами -уни, -янц в иной огласовке, а простые патронимы на -ян как раз характерны для непривилегированных слоёв. В советское время фамилия не менялась — армянские фамилии на -ян, в отличие от русских, не склоняются по падежам.

Таким образом, Хчоян — прозвищная фамилия, указывающая на предка-ремесленника, скорее всего резчика, и типичная для армянской ономастики.