Фамилия Хэкэтомуканин звучит настолько необычно для русского уха, что сразу вызывает подозрение: это либо позднее искусственное образование, либо иноязычная основа, адаптированная русским суффиксом. Скорее всего, перед нами пример фамилии, возникшей в среде старообрядцев или в отдалённых регионах Русского Севера, где прозвища нередко превращались в фамилии в очень позднее время — вплоть до конца XIX века.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Хэкэтомуканин, то есть потомок человека по прозвищу Хэкэтомука. Основа явно состоит из нескольких частей: «хэк» или «хэкать», «этому» и «канин». Первая часть может восходить к диалектному глаголу «хэкать» — издавать отрывистый звук, кашлять или кричать (в некоторых говорах «хэкать» означало «икать»). Вторая часть — «этому» — указательное местоимение в дательном падеже. Третья часть — «канин» — вероятно, искажённое «канин» от «каня» (лошадь) или от имени Канин. В сумме прозвище могло звучать как «Хэк этому канин» — то есть человек, который на что-то или на кого-то «хэкает», обращаясь к «этому кане». Звучит как насмешливое уличное прозвище, закреплённое за одним человеком.

По географии фамилия редчайшая. В современных базах данных она практически не встречается, что подтверждает её локальный характер. Вероятно, она бытовала в одной-двух деревнях, например, в Архангельской или Вологодской губернии, где диалектная лексика сохраняла архаичные формы. В официальных переписях такие фамилии могли записывать на слух, отсюда возможны варианты: Хэкатомуканин, Хекэтомуканин или даже Хэкатомуканов.

Сравнение с однокоренными фамилиями ничего не даёт — аналогов в русской ономастике нет. Это уникальный случай, когда прозвище, построенное по модели короткой фразы, стало фамилией. Социальный контекст: носитель, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, получившим фамилию после отмены крепостного права, когда чиновники записывали людей по их уличным кличкам. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не существовало.