Фамилия Херапулькин — один из тех случаев, когда внешне нелепое звучание скрывает вполне прозрачную профессиональную или прозвищную основу. Вопреки догадкам, корень здесь не имеет отношения к обсценной лексике. В основе лежит диалектное слово «херапулька» — так в ряде южнорусских и украинских говоров называли самодельную деревянную трубку, дудку или свистульку. Слово звукоподражательное, от «хер» (в старом значении — «горло», «глотка», ср. чешское «hrdlo») и «пулькать» — издавать булькающие, отрывистые звуки. Человек, делавший такие дудки или игравший на них, получал прозвище Херапулька. Суффикс -кин указывает на принадлежность: Херапулькин — сын или потомок Херапульки. Модель образования типична для русских фамилий на -ин, которые шли от основ на -а, -я (ср. Пушкин от Пушка, Репин от Репа).

Версия о том, что прозвище могло относиться к человеку с хриплым, «булькающим» голосом, тоже правдоподобна: в народной речи «херапулькать» означало издавать гортанные, нечленораздельные звуки. Таким образом, предок мог быть либо музыкантом-самоучкой, мастером-дудочником, либо просто обладателем характерного тембра голоса. Географически фамилия редкая, встречается в основном в Курской и Воронежской областях, а также в восточных районах Украины — именно там бытовала лексика с корнем «хер-» в значении «горло». В письменных источниках фамилия фиксируется с XVIII века, но широкого распространения не получила из-за позднейшего омонимического сближения с грубой бранью. В советское время часть носителей могла сменить фамилию по этой причине, поэтому сегодня Херапулькиных — единицы.