Фамилия Хердыпердыев — редкий случай, когда исходное прозвище строится на звукоподражательном повторе. В основе лежит тюркское «херды-перды» — имитация неразборчивой речи, бормотания или, в более грубом варианте, пустых, бессвязных слов. В тюркских языках (особенно в туркменском и азербайджанском) «хердемек» означает «говорить ерунду», «нести чушь», а удвоение «херды-перды» усиливает пренебрежительный оттенок: болтун, пустомеля.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе «Хердыперд» добавили русский патронимический суффикс «-ев» (фонетический вариант «-ов» после мягкого согласного). Такая модель характерна для народов, долгое время живших в контакте с русскими — например, у тюркских народов Поволжья, Кавказа или Средней Азии, которые в XIX–XX веках получали фамилии через русскую администрацию. Суффикс «-ев» здесь указывает на принадлежность: «сын того, кого прозвали Хердыперды».

Скорее всего, носитель прозвища был человеком словоохотливым, но не всегда внятным или дельным в речах. В крестьянской среде такое прозвище могли дать и просто за манеру говорить быстро и неразборчиво, без злого умысла. Позже, при оформлении документов, прозвище закрепилось как фамилия — ироничная, но не оскорбительная по меркам своего времени.

Географически фамилия встречается единично, в основном на юге России и в странах Средней Азии. В словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов) она не фиксируется — это либо позднее образование, либо диалектный вариант, не попавший в центральные переписи. Однокоренные фамилии (Хердымов, Пердыев) встречаются чаще, но «Хердыпердыев» сохраняет исходную удвоенную форму, что делает её уникальной с точки зрения словообразования.