Фамилия Херхербер — редкий пример фамилии, которая почти наверняка не является русской по происхождению. В русской ономастике нет ни суффикса -ер, ни корня «хер-», который бы образовывал прозвища или имена. Скорее всего, перед нами фамилия немецкого или еврейского (ашкеназского) корня.

Разберем её на составные части. Основа «Херхер» может восходить к немецкому «Herr» (господин) в удвоенной или диалектной форме, либо к слову «Heer» (армия, войско) с придыхательным произношением. Второй элемент «-бер» — типичный немецкий суффикс, означающий «гора» (Berg). Таким образом, фамилия могла означать «господская гора» или «военная гора» — топографическое прозвище для человека, жившего у заметной возвышенности, принадлежавшей знатному лицу или использовавшейся для военных целей.

Другая, более прозаичная версия: это вариант фамилии Хербер (Herber) или Хербергер, где «Хер» — сокращение от имени Герман или Херманн. В этом случае «Херхербер» могла возникнуть как искажение при записи в русских документах: двойное «ер» появилось из-за особенностей произношения или канцелярской ошибки. В пользу этой версии говорит то, что носители немецких фамилий в Российской империи часто сталкивались с переосмыслением их фамилий на слух.

Нельзя исключать и еврейский след. Среди ашкеназских фамилий встречаются искусственные, составные, образованные от красивых немецких слов. «Херхер» могло быть переделкой «Herz» (сердце) или «Herr», а «-бер» — сокращением от «Berg» или «Burg» (крепость). Такие фамилии давали в конце XVIII — начале XIX века при обязательной паспортизации еврейского населения в Австрийской и Российской империях.

В России фамилия Херхербер встречается крайне редко, в основном в документах конца XIX — начала XX века, связанных с немцами Поволжья или Причерноморья, а также с еврейскими переселенцами. Поскольку суффикс «-ов» или «-ин» отсутствует, фамилия не подверглась русификации и сохранила исходную форму — верный признак позднего появления в русской среде и сохранения носителями своего языка.