Фамилия Хернашыкендина — редкий случай, когда написание почти полностью выдаёт происхождение. Перед нами не русская фамилия в привычном понимании, а русифицированная форма тюркского или кавказского родового имени. Ключ к разгадке — финальная часть «-кендина». Скорее всего, это искажённое при транслитерации окончание «-кенди» или «-кент», что в тюркских языках означает «село, деревня». В таком случае фамилия указывает на выходца из конкретного населённого пункта: Хернашыкенди — «человек из села Хернашы».

Основа «Хернаш» тоже неслучайна. Вероятно, это антропоним или прозвище, восходящее к тюркскому корню, связанному с качествами человека. Возможна связь с «хер» (как вариант — «хар», «гер») в значении «сила, мощь» или «каждый, всякий», а «наш» — «камень, скала». Получается «крепкий как скала» или «всеобщая опора». Такие прозвища давали воинам или уважаемым старейшинам рода.

Суффикс «-ин» и окончание «-а» — чисто русское добавление, которое фамилия получила при адаптации в документах Российской империи. Женский вариант на «-а» закрепился за носительницей, а мужская форма, по логике, должна звучать как Хернашыкендин. Однако в реальности фамилия могла писаться по-разному в метриках и переписях, пока её не унифицировали в советских паспортах.

Географически фамилия с такой структурой тяготеет к регионам, где смешивались тюркские и кавказские языки: Дагестан, Азербайджан, северный Иран. Встречается она и в среде тюркоязычных народов Ставрополья. В отличие от распространённых фамилий на «-ов» или «-ский», Хернашыкендина — маркер конкретной родовой ветви, которая сохранила топонимическое прозвище в качестве фамильного имени.