Фамилия Херопотам — редкий случай в русской ономастике, где основа звучит как заимствованное слово, но на деле, скорее всего, имеет местные корни. На первый взгляд она напоминает искажённое «гиппопотам» (бегемот), но такое объяснение маловероятно: в русских фамилиях не принято называть людей по экзотическим животным, которых в России не водилось. Вероятнее, что перед нами прозвище или географическое название, переработанное в фамилию по одной из трёх моделей.

Словообразовательная модель фамилии указывает на суффикс -ов (в мужском роде) или -а (в женском, если речь о Херопотам). Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. Но здесь основа «Херопотам» нестандартна. Можно разложить её на корни: «херо-» (возможно, от греческого «херос» — сирота, или от диалектного «хер» — куст, заросли) и «-потам» (греч. «потамос» — река). В таком случае фамилия могла означать «сирота с реки» или «житель у реки в зарослях». Однако греческие элементы в русских фамилиях встречаются редко, чаще через церковные имена (например, Иероним), но не в таком прямом виде.

Более правдоподобная версия — фамилия происходит от старого русского прозвища Херопотам, которое могло быть дано человеку с грубоватой внешностью или поведением, напоминающим бегемота (гиппопотама), но в народной этимологии слово упростили до «херопотам». Такие случаи известны: например, фамилия Гиппопотамов существует, но крайне редка и часто связана с семинарскими прозвищами. В XVIII–XIX веках семинаристы могли давать друг другу «учёные» клички на латыни или греческом, и Херопотам могло быть шутливым прозвищем толстого или медлительного ученика. В пользу этого говорит суффикс -ов, который в семинарских фамилиях почти не встречается (они чаще оканчиваются на -ский), так что это скорее народное прозвище, а не искусственное.

Географически фамилия Херопотам почти не встречается в современных базах данных. Единичные носители фиксируются в южных регионах России и на Украине, что может указывать на локальное происхождение — от названия урочища или речки (например, река Херопотам в мифическом контексте не зафиксирована, но могло быть местное прозвище оврага). Также возможна связь с тюркскими языками: «хер» (земля, грязь) и «потам» (искажённое «богам» — болото). Тогда фамилия означала бы «житель грязного болота» — типичное для русских фамилий описание места жительства.

Таким образом, у фамилии Херопотам три рабочих версии: народное прозвище по сходству с бегемотом (наиболее вероятно, но без документов), греко-русское сложение со значением «сирота у реки» (менее вероятно из-за редкости таких моделей) и тюркское топонимическое прозвище (возможно, но требует подтверждения). Однозначного ответа нет, но ясно, что фамилия не искусственная и не случайная — за ней стоит живая речь, народная этимология и, скорее всего, конкретный человек, выделявшийся среди окружающих.