Фамилия Херпентринбубинов — исключительный случай даже для русской ономастики, где встречаются самые неожиданные заимствования и искусственные образования. Сразу ясно: перед нами не древняя родовая фамилия, а результат книжной или канцелярской игры слов, скорее всего, XIX — начала XX века.

Разложим её по составу. Основа «Херпентринбубин» явно составная. «Херпен» — это искажённое латинское serpens («змея»), которое через немецкое посредничество или напрямую из научной латыни попало в русский язык. «Трин» — от латинского trinus («тройной»). «Буб» или «буба» — вульгарно-латинское bubo («сова», «филин»), также известное в русской биологической номенклатуре. В итоге получается «тройная змее-сова» — нелепый, но запоминающийся гибрид, собранный из латинских корней по законам зоологической систематики времён Линнея. Суффикс -ов оформляет эту основу в русскую фамилию по самой распространённой модели: «чей?» — Херпентринбубинов.

Кем мог быть первый носитель? Вероятнее всего, это искусственная фамилия, данная семинаристу или ученику духовного училища. В духовных школах XVIII–XIX веков была традиция «переводить» русские фамилии на латынь или греческий, а также сочинять новые из латинских корней, чтобы подчеркнуть учёность или выделить воспитанника. Например, фамилию Змеев могли «латинизировать» в Серпентов, а затем, для большей торжественности, прибавить ещё один корень. Или же это прозвище преподавателя-естественника, который коллекционировал чучела змей и сов и получил от студентов шутливую кличку «Херпентринбубин», которая потом закрепилась за его детьми как фамилия. Написание с «Х» вместо «С» указывает на немецкое произношение латыни (где serpens читали как «херпенс»), что типично для академической среды Российской империи.

Географически фамилия могла возникнуть в любой крупной семинарии — в Киеве, Москве, Санкт-Петербурге или Казани, но вряд ли вышла за пределы узкого круга духовенства или профессуры. В современных телефонных справочниках и базах данных эта фамилия не встречается — скорее всего, она вымерла или осталась в единичных записях метрических книг. Споров о происхождении здесь быть не может: это стопроцентно книжное, искусственное образование, и никаких народных корней вроде «хер» или «бубен» в ней нет.