Фамилия Хейбулин — редкая и нестандартная для русского уха. Её основа, суффикс и ареал бытования указывают на то, что перед нами, скорее всего, фамилия с восточными корнями, прошедшая русификацию.

Вероятнее всего, фамилия образована от тюркского или арабо-тюркского имени Хейбула (Хайбула, Гайбулла). Это сложносоставное имя, где первая часть «хайб» (араб. «тайна», «скрытое») или «хайр» («благо», «добро») соединяется с «улла» (Аллах). Таким образом, Хейбула может означать «тайна Аллаха» или «благо Аллаха». Фамилии на -ин в русской традиции часто образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: Хейбула → Хейбулин (чей? — сын Хейбулы). Аналогично образованы фамилии Хайбуллин, Гайбуллин, но без удвоенного «л» и с заменой «а» на «е».

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с географическим названием. В Башкортостане и Татарстане есть населённые пункты с похожими корнями (например, Хайбуллино). Переселенцы из таких деревень могли получить фамилию по месту выхода: Хейбулин — выходец из Хейбулы (деревни). Однако эта версия слабее, так как в русской ономастике фамилии на -ин от названий сёл встречаются реже, чем от личных имён.

Редкость фамилии говорит о том, что её носители — потомки, вероятно, одного рода, который обрёл фамилию сравнительно поздно, в XIX веке, при переходе к паспортной системе среди мусульманских народов Российской империи. Суффикс -ин (а не более ожидаемый для тюркских фамилий -ов/-ев) — это особенность записи русскими чиновниками на слух: имя на -а дало форму притяжательного прилагательного на -ин. Сейчас фамилия встречается в рассеянном виде, преимущественно в регионах Поволжья и Приуралья, а также в среде татарской или башкирской диаспоры.