Фамилия Хиджуньи — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но при этом ставит в тупик любого, кто пытается понять её корни. В ней нет ни привычного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), ни славянской основы. Фамилия звучит как инородное тело в русском ономастиконе, и это главная подсказка: перед нами, скорее всего, результат поздней записи или адаптации фамилии из другого языка и культуры.

Самый вероятный путь возникновения — фонетическая передача фамилии из языков Кавказа, Закавказья или Ближнего Востока. Окончание «-ьи» в русском языке часто оформляет фамилии, образованные от географических названий или имён, но здесь оно добавлено к основе, которая не склоняется по русским моделям. Основа «Хиджун» может восходить к арабскому или персидскому слову, связанному с понятием «хиджра» (переселение, исход) или к имени Хиджр (как вариант — Хидр, Хызыр). В таком случае фамилия могла означать «принадлежащий к роду Хиджуна» или «выходец из места Хиджун». Не исключена и связь с тюркскими языками, где корень может означать «беглец» или «переселенец», что логично для фамилии, возникшей в среде, где люди часто меняли место жительства.

Вторая версия, менее правдоподобная, но возможная — искусственное происхождение. В советское время при паспортизации и записи фамилий в национальных республиках (особенно в Средней Азии или на Кавказе) чиновники могли записать фамилию на слух, добавив русское окончание «-ьи» к местному прозвищу или имени. Если исходное слово звучало как «Хиджун» (например, прозвище человека с особым говором или внешностью), то «Хиджуньи» — это просто «Хиджуновы» в местном произношении.

Географически фамилия почти не встречается в центральной России. Единичные носители, если они есть, скорее всего, потомки переселенцев из Закавказья (возможно, из числа азербайджанцев, лезгин или татов) или из Ирана, где фамилии с таким звучанием могли быть записаны при переезде в СССР. Сословная принадлежность предков неясна — фамилия не даёт подсказок ни о дворянстве, ни о крестьянстве, ни о духовенстве. Единственное, что можно сказать с уверенностью: в русской среде она не формировалась, а пришла извне, и её значение тесно связано с историей миграции или с личным именем родоначальника.