Фамилия Хиллер, вероятно, является немецкой. По одной из версий, она происходит от имени Хильке, которое является краткой формой германского имени Хильдегунд. Оно состоит из двух компонентов: «хильд» переводится как «битва, схватка», а «гунд» означает «народ, люди». Однако существовали и другие имена, начинавшиеся на Хильд-, от которых также могла быть образована форма Хильке. Согласно другой гипотезе, фамилия Хиллер представляет собой фонетический вариант фамилии Хюллер. В таком случае она образована от прозвища Хюллер, которое восходит к немецкому слову Hülle - «покров, пелена». Возможно, это прозвище было профессиональным, то есть основатель рода Хюллер мог заниматься покрыванием чего-либо. Например, он мог быть кровельщиком. Кроме того, в документах начала XX века упоминаются эстонцы с такой фамилией: Вольдемар Христианович Хиллер и Эмилия Ивановна Хиллер, жившие в Новосельском районе Ленинградской области. Однако не исключено, что и они имели немецкие корни или же были эстонскими евреями. Среди известных обладателей этой фамилии — Иоганн Адам Хиллер (1728—1804), немецкий композитор и теоретик, один из создателей немецкого зингшпиля и автор музыкально-теоретических трудов.