Фамилия Хисеева — женская форма фамилии Хисеев, и в ней интересен не столько корень, сколько суффикс. Перед нами не типичная модель на -ов/-ев или -ин, а редкий для русских фамилий суффикс -еев. В русской ономастике такие фамилии часто указывают на иноязычное происхождение основы, чаще всего тюркское. Если бы фамилия была Хисаев, она бы выводилась из арабского имени Хиса (сокращение от Хисамутдин — «меч веры»), но суффикс -еев меняет картину.

Вероятнее всего, основа Хисе- восходит к тюркскому личному имени Хися (или Хиса), которое в русской записи могло получить форму Хисей. Имена с корнем «хис-» (от арабского «хисс» — доля, часть) встречаются у татар, башкир и других народов Поволжья. Суффикс -еев — это адаптация тюркского патронимического окончания -ев, приставленного к основе на -ей. То есть Хисеев буквально означает «сын Хисея».

Географически фамилия Хисеева тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области. Встречается она и на юге Урала, где в XVIII–XIX веках селились служилые татары и тептяри. Сословно предки носителей фамилии скорее всего были государственными крестьянами или мещанами, реже — купцами.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с греческим именем Хисей (от слова «хисис» — щит), но она не находит поддержки у исследователей: фамилии с греческой основой на -еев в русском языке почти не встречаются, а в причерноморских греческих фамилиях суффикс обычно другой. Так что тюркский след остается самым обоснованным.