Фамилия Хизкияева — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а библейское имя древнееврейского происхождения. Она образована от мужского имени Хизкия (или Хизкияу) — русской транслитерации имени библейского царя Езекии (ивр. Хизкияху — «укрепил меня Господь»). В русской традиции это имя встречается в основном у народов, исповедующих ислам или иудаизм, — чаще всего у горских евреев и народов Кавказа.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Хизкияев буквально означает «сын Хизкии» или «потомок Хизкии». Такая модель образования типична для фамилий, возникших в тюркоязычной или кавказской среде под влиянием русской паспортной системы. Фамилия не славянская по корню, но оформлена по русскому грамматическому шаблону, что говорит о её поздней фиксации в документах — скорее всего, в XIX — начале XX века.

Географически фамилия Хизкияева привязана к регионам компактного проживания горских евреев: Дагестан, Чечня, Кабардино-Балкария, а также к Азербайджану. Встречается она и у татов — ираноязычного народа, часть которого исповедует иудаизм. В этих местах имя Хизкия не было редкостью, и фамилия возникла естественным путём: человека называли по отцу, а при записи в метрики или советские документы закрепилась форма на -ев.

Стоит отметить, что написание через «ия» (Хизкияев) — более точная передача древнееврейского произношения, чем привычный для славян вариант «Езекиев». Поэтому носители фамилии часто сохраняют архаичное звучание имени, которое в русских переводах Библии превратилось в Езекию. Других версий происхождения, кроме библейской, у этой фамилии нет — прозвищный или ремесленный корень здесь маловероятен, так как имя Хизкия слишком специфично и не имеет бытовых значений.