Фамилия Хнаев образована от прозвища Хнай. Оно восходит к названию реки, протекающей на Алтае, – Хнай. Сам гидроним Хнай, предположительно, имеет тюркское происхождение. Слово «хнай» в переводе с киргизского означает «хна» (кустарник, из листьев которого получают желто-красную краску). Возможно, по берегам реки Хнай произрастал этот кустарник. Вероятно, основатель фамилии Хнаевых родился или долгое время жил на одном из берегов реки Хнай. Таким образом, потомок человека, которого звали Хнай, со временем получил фамилию Хнаев.