Фамилия Хнанищева — редкая, и её разбор требует внимания к деталям, которые обычно лежат на поверхности. В основе лежит прозвище или имя Хна, но это не та «хна», которой красят волосы. Скорее всего, перед нами диалектная или искажённая форма от имени Афанасий. В русских говорах, особенно на юге и в центральных регионах, имя Афанасий «съёживалось» до кратких вариантов: Ханя, Хан, Хана, откуда один шаг до формы Хна. Выпадение первого гласного в беглой речи — явление обычное: «Афанасий» превращалось в «Фанасий», а затем в «Хана», и носитель языка мог закрепить вариант «Хна» как самостоятельное прозвище.

Суффикс -ищев (в женском роде -ищева) указывает на принадлежность к роду по отцу. В русской ономастике суффикс -ищ- нередко встречается в фамилиях, образованных от прозвищ с увеличительным или пренебрежительным оттенком: Хнанищев — буквально «сын Хны», причём с оттенком «большой Хна» или «Хна, который выделяется». Это не типичный патроним на -ов/-ев, а более редкая модель, которая могла сложиться в крестьянской или мещанской среде, где прозвища передавались по наследству в немного изменённой форме.

География фамилии неширокая. Основные следы ведут в южнорусские области — Курскую, Белгородскую, Воронежскую, где диалектные формы имени Афанасий особенно устойчивы. В этих краях фамилии на -ищев встречаются чаще, чем в северных регионах, и часто связаны с прозвищами, а не с каноническими именами. Если предок носителя фамилии был крестьянином или однодворцем, то прозвище Хна могло закрепиться за ним в ревизских сказках или метриках как уличное, а затем превратиться в официальную фамилию.

Версия о связи с растением хна маловероятна: это слово в русский язык пришло поздно, через тюркские языки, и вряд ли стало бы основой для прозвища в сельской среде, где хну не выращивали и не использовали массово. Так что корень фамилии — именно личное имя, пусть и в необычной сокращённой форме. Фамилия Хнанищева — редкий пример того, как живая речь сжимает имя до неузнаваемости, а потом закрепляет его в официальной записи.