Фамилия Хнанишо — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение неочевидно, и единственная разумная версия — это русифицированная передача иноязычного имени или прозвища. Основа «Хнан-» не имеет славянских корней и не встречается в древнерусских именословах. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в среде восточных христиан — ассирийцев или арамеев. Имя Хнанишо (или Хнан-Ишо) восходит к арамейскому «Хнан-Ишо» — «милость Иисуса» или «помилованный Иисусом». Это типичное теофорное имя, где вторая часть («Ишо») указывает на Иисуса Христа.

В русском языке фамилия оформлена по продуктивной модели с суффиксом -о, который в данном случае не является патронимическим (как, например, -ов/-ев), а скорее фиксирует конечный звук исходного имени. Такое оформление характерно для фамилий, возникших из этнических прозвищ или при адаптации неславянских имён, когда сохраняли оригинальное окончание. Носители фамилии Хнанишо — это, вероятно, потомки ассирийцев, которые переселились на территорию Российской империи в XIX — начале XX века, спасаясь от геноцида в Османской империи. Ассирийские общины оседали на Кавказе, в Краснодарском крае, в Ростовской области и в Москве.

Фамилия почти не встречается за пределами этих регионов и не имеет вариантов написания. Её редкость объясняется малочисленностью ассирийской диаспоры в России. Если ваши предки носили эту фамилию, они с высокой вероятностью были ассирийцами по национальности, исповедовали христианство (Ассирийская церковь Востока) и могли заниматься ремёслами, торговлей или земледелием. Других версий — от славянского прозвища или тюркского корня — не существует, так как ни одна из них не выдерживает лингвистической проверки.