Фамилия Хобенкова — женская форма фамилии Хобенков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Хобенок. Основа здесь — «хобот», в старых говорах означавшая не только слоновий хобот, но и длинный нос, торчащую часть одежды или даже неуклюжего, неповоротливого человека. Суффикс -енок/-онок в русских фамилиях встречается реже, чем стандартные -ов и -ин, и указывает на «малого»: Хобенок — это либо сын Хобота, либо человек, которого так дразнили в детстве.

Словообразовательная модель фамилии Хобенков — патроним на -ов от прозвища на -енок. Это не типичная «сыновья» фамилия вроде Иванов (от Ивана), а скорее «внучья»: сначала появилось прозвище Хобенок (маленький Хобот или человек с длинным носом), затем от него образовали отчество Хобенков — «чей?» — то есть «сын Хобенка». Такие фамилии чаще встречались в северных и центральных губерниях России, где любили уменьшительные прозвищные формы.

Вероятно, предок носителя этой фамилии получил прозвище за внешность — длинный нос или выдающуюся вперед нижнюю губу (в народе «хобот»). Менее вероятная, но возможная версия — связь с ремеслом: на Севере «хоботом» называли рычаг для подъема тяжестей или часть мельничного механизма, так что предок мог быть мастеровым, работающим с таким инструментом.

Фамилия редкая, в официальных списках встречается эпизодически. По данным переписей, Хобенковы компактно проживали в Тверской и Псковской губерниях, что косвенно подтверждает северо-западное происхождение прозвища. Окончание -а у Хобенковой — стандартная русская маркировка женского рода, не меняющая смысла фамилии: она лишь указывает, что речь идет о женщине из рода Хобенковых.