Фамилия Ходиенко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель, одна из самых распространённых в Украине, буквально означает «маленький» или «сын» (в данном случае — «сын Ходька»). В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность (чей?), украинские фамилии на -енко подчёркивали прямое родство по отцу. В XVII–XVIII веках этот суффикс активно вытеснял другие формы, и фамилии на -енко закрепились сначала среди казацкой старшины и мещан, а затем и среди крестьян.

Основа фамилии — Ходько (или Ходя). Это уменьшительная форма от крестильного имени Ходор — народного варианта канонического имени Феодор (в современном звучании — Фёдор). В украинском языке звук [ф] часто заменялся на [х] или [хв], поэтому Фёдор превращался в Хведь, Хведор, а в сокращении — в Ходько. Таким образом, Ходиенко — это «Федоренко» в местном фонетическом варианте. Встречаются и параллельные фамилии: Ходько (без суффикса), Ходченко, Ходоренко.

Менее вероятная, но возможная версия отсылает к глаголу «ходить». Прозвище Ходько могли дать быстроногому человеку, пешеходу или посыльному. Однако в ономастике считается, что прозвищные фамилии чаще образовывались через суффикс -ко (Ходько, Ходило), а вот фамилия Ходиенко почти всегда указывает на отчество: «чей сын?» — «Ходиенко». Поэтому версия с именем Фёдор выглядит убедительнее.

Географически фамилия Ходиенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине, Черкасщине и Слобожанщине. В российских переписях она встречается редко и обычно связана с переселением украинских крестьян в XIX–XX веках. Сословной принадлежности у фамилии нет: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане — суффикс -енко был универсальным для всех слоёв украинского общества.

В написании фамилии возможна путаница: иногда вместо «Ходиенко» пишут «Ходієнко» (с буквой «і»). Это не ошибка, а отражение украинской орфографии, где в корне после мягкого согласного пишется «і». В русских документах, как правило, закрепился вариант с буквой «и».