Фамилия Ходонченко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых: он указывал на сына или потомка человека, чьё имя или прозвище легло в основу фамилии. То есть Ходонченко — это буквально «сын Ходонка» или «потомок Ходонка».

Корень фамилии — Ходон. Это, скорее всего, уменьшительная форма от какого-либо личного имени или прозвища. Самая вероятная версия — связь с глаголом «ходить». Ходоном на Руси могли называть человека, который много ходит: скорохода, пешего гонца, странника или просто непоседу. В украинских говорах слово «ходон» могло означать и «ходок», «прохожий». Вторая, менее распространённая гипотеза — происхождение от крестильного имени Фаддей (в просторечии Ходей, Ходя). Но в этом случае ожидалась бы форма Ходенко или Ходченко, а не Ходонченко, поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Суффикс -енко в фамилии Ходонченко указывает на её формирование в восточной или центральной Украине. Такие фамилии активно складывались в XVI–XVII веках, когда украинская шляхта и казачество начали фиксировать родовые прозвания. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские фамилии на -енко изначально не указывали на сословную принадлежность: их носили и казаки, и крестьяне, и мещане. Поэтому предки Ходонченко могли быть кем угодно — от реестрового казака до свободного землепашца.

Фамилия редкая, в современных справочниках массово не встречается. Её географическое ядро, судя по косвенным данным, — Полтавская, Черниговская и Сумская области. В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит женщине, и склоняется по падежам, если мужчине (Ходонченко, Ходонченко, Ходонченко и т.д.). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Ходо́нченко.