Фамилия Ходюшкина образована от мужской формы Ходюшкин и принадлежит к распространённому в русском языке типу фамилий на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ходюшкин означает «сын Ходюшки» или «человек из семьи Ходюшки». Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Ходюшка, которое, в свою очередь, произошло от глагола «ходить».

Ходюшка — это уменьшительно-ласкательная форма от «ходок» или «ходун». В русских говорах «ходюшкой» могли назвать ребёнка, который только начал ходить, или, напротив, взрослого непоседу, любителя бродить по гостям и чужим деревням. В некоторых регионах так называли странника или бродячего торговца — «ходебщика». Прозвище могло закрепиться за человеком, который постоянно был в движении: пастух, гонец, посыльный или просто беспокойный сосед.

Фамилия довольно редкая. Её география тяготеет к центральным и северным областям России, где суффикс -ушк- в личных именах и прозвищах встречался чаще. В южнорусских говорах подобные формы обычно заменялись на -ух- или -юх- (Ходюха, Ходюхин). Таким образом, по модели образования фамилию Ходюшкина можно уверенно отнести к северному или владимиро-поволжскому ареалу.

Однокоренные фамилии — Ходюков, Ходюнин, Ходяков, Ходнев. Все они восходят к тем же корням, но с разными суффиксами, что говорит о независимом возникновении в разных семьях. Фамилия Ходюшкина не связана с каким-то одним ремеслом или сословием: её могли получить и крестьяне, и мещане — прозвище было бытовым и не несло социальной окраски.

Поскольку фамилия редкая, в официальных списках известных носителей она не значится. Однако это не мешает проследить её судьбу: скорее всего, предки современной носительницы фамилии жили в небольшой деревне, где прозвище Ходюшка закрепилось за одной семьёй, а затем, при переписях XIX века, превратилось в наследственную фамилию.