Фамилия Хокмалыев — редкая, и её разбор требует осторожности: на слух она звучит как тюркская, но по форме (суффикс -ев) — обрусевшая. Основа здесь — Хокмалый, а не Хокмал, что уже указывает на прилагательное или прозвище в тюркских языках. Скорее всего, в основе лежит слово «хокма» (или «хокмак») — в ряде тюркских наречий это «молоток», «колотушка». «Хокмалый» тогда означало либо «молотобоец», либо человека с прозвищем Молоток — крепкого, упрямого, возможно, кузнеца или плотника.

Фамилия образована по русской модели: к тюркскому прозвищу Хокмалый прибавили патронимический суффикс -ев (сын Хокмалого). Такая гибридная форма типична для народов Поволжья и Приуралья — татар, башкир, чувашей, которые в XIX веке массово получали русские фамилии при переписях. Встречается вариант Хокмалов (без йотации), но Хокмалыев точнее передаёт исходное прилагательное.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с арабским «хикма» (мудрость) через персидское посредство, но тогда фамилия выглядела бы как Хикматов или Хикмалиев. Форма Хокмалыев твёрже и прозаичнее — это прозвище по занятию или внешности, а не по «мудрости».

С географией сложно: фамилия не фиксируется в массовых списках (например, в «Списках населённых мест» XIX века). Скорее всего, это локальная фамилия одного-двух родов — например, в Башкортостане или Оренбуржье, где тюркские основы с русскими суффиксами обычны. Носители, если они есть, почти наверняка ведут род от мастерового человека — кузнеца, бондаря или плотника, которого в деревне прозвали Хокмалый за манеру работать тяжело и метко, как молотом.