Фамилия Хольджгонов — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует осторожности. С первого взгляда бросается в глаза нехарактерное для славянских фамилий сочетание «дж» и конечное «-ов». Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от иноязычной основы, которая позже была русифицирована с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ов (отвечающего на вопрос «чей?»).

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими или монгольскими корнями. Основа «Хольджгон» может восходить к личному имени или прозвищу, в котором «хольд» — это искажённое «холод» (в значении «холодный», «суровый») или часть сложного имени, а «джгон» — вариант произношения слова «джан» (душа, жизнь) в некоторых диалектах. В таком случае фамилия могла означать «холодная душа» или быть прозвищем сдержанного, неприступного человека. Однако, учитывая, что в русских говорах и соседних языках встречается слово «хольд» (от нем. «Halt» — опора, стойка), не исключено, что прозвище дали мастеровому, который делал упоры для повозок или станков.

Второй, менее вероятный, но допустимый вариант — фамилия могла возникнуть в среде немецких колонистов Поволжья или Причерноморья. Там фамилии на «-гон» (от «Gang» — ход, проход) встречались, и «Хольджгон» могло быть сложным прозвищем вроде «лесной ходок» (Holz — дерево, лес + Gang). Но суффикс -ов в этом случае выглядит искусственным добавлением при переезде в русскоязычную среду.

Географически фамилия почти не встречается в современных базах данных, что указывает либо на её крайнюю редкость, либо на сильное искажение при записи (возможно, первоначальная форма была Холджонов, Хольджанов или Хольджгонов с ударением на второй слог). Если предки были из регионов с тюркским населением (Оренбуржье, Астрахань, Кавказ), то версия с прозвищем от «холодный джан» выглядит предпочтительнее. Если из центральной России — скорее всего, фамилия искусственная, полученная при крепостном праве или при записи в рекруты от помещика, любившего сложные конструкции.

Точное значение установить трудно из-за отсутствия массовых записей, но ясно одно: носитель фамилии Хольджгонов почти наверняка имеет предка, который получил прозвище в среде, где смешивались русские и восточные языки, а сама фамилия — результат адаптации чужого слова под русскую грамматику.