Фамилия Холибаев — один из тех случаев, когда прозрачная на первый взгляд основа оказывается не такой простой. Сразу бросается в глаза корень «холи-», который напоминает русское слово «холить» — заботливо ухаживать, лелеять. Однако в фамилиях на -баев такое совпадение почти всегда случайно. Суффикс -баев указывает на тюркское происхождение: в татарской, башкирской, казахской среде фамилии с этим компонентом образуются от личных имён, где «бай» означает «богатый, господин, хозяин». То есть основа — это имя или прозвище, а не глагол.

Скорее всего, Холибаев восходит к мужскому имени Холибай, которое распространено у узбеков и таджиков. Первая часть «холи» в этих языках может означать «пустой, свободный» или же быть вариантом арабского «хали» — «особое состояние, экстаз» (в суфийской традиции). В любом случае, имя Холибай — составное: «холи» + «бай», то есть «господин, обладающий особым состоянием» или, если приземлённее, «свободный хозяин». Вторая версия, менее вероятная, но возможная — связь с арабским «халид» («вечный»), через диалектные искажения превратившимся в «холи».

Географически фамилия Холибаев чаще всего встречается в Узбекистане, Таджикистане и среди выходцев из этих регионов. В России она редка и обычно принадлежит семьям, переехавшим из Средней Азии. Исторически предки носителя такой фамилии были, скорее всего, незнатными людьми — имя Холибай давали в простых семьях, где «бай» было скорее пожеланием достатка, чем указанием на реальное богатство.

Что интересно: фамилия не имеет патронимического суффикса -ов/-ев в привычном русском смысле. -ев здесь — результат русификации: тюркское окончание -бай при записи в документах получило русское родовое окончание, но основа осталась тюркской. Так что Холибаев — это не «сын Холиба», а «из рода Холибаевых», где исходное имя уже содержало указание на статус.