Фамилия Холомкина образована от мужского крестильного имени Варфоломей, которое в переводе с арамейского означает «сын вспаханной земли» или «сын полей». Однако напрямую к полному церковному имени фамилия не восходит: в её основе лежит народная, разговорная форма — Холомка. Цепочка преобразований выглядит так: Варфоломей → Фоломей → Холомей → Холом → Холомка. Такое сокращение и упрощение имени — типичная история для русских фамилий, где длинные и непривычные для слуха греческие или арамейские имена в быту «обкатывались» до коротких и удобных форм.

Суффикс -ин указывает на притяжательное значение: Холомкина буквально означает «дочь (или жена) Холомки». В русской традиции фамилии с этим суффиксом чаще всего возникали в северных и центральных регионах, где была распространена модель «чей?» — «Иванов сын», «Холомкин сын». Со временем форма закрепилась и перестала зависеть от пола носителя, хотя в современном виде Холомкина — это женская форма, а мужская будет Холомкин.

Скорее всего, основатель рода Холомкиных был человеком из простого сословия. Имена в уменьшительно-ласкательной или обиходной форме давали не для официальных документов, а в повседневном общении. Если человека звали Холомкой, значит, он был своим в крестьянской или посадской среде, где церковное полное имя использовали редко. Потомок человека, обладающего именем Холомка, со временем получил фамилию Холомкина — так за потомками закрепилось прозвание по отцу или деду.

Интересно, что корень «холом» перекликается со словом «холм» — возвышенность, пригорок. В народной этимологии фамилию иногда связывают с этим географическим термином, но лингвистически это вторичное сближение: имя Холомка произошло от Варфоломея, а не от названия рельефа. Хотя не исключено, что в отдельных случаях прозвище Холомка могло возникать независимо, по месту жительства на холме, и уже потом смешиваться с производными от имени. Но для большинства носителей фамилии более правдоподобна именно именная версия.

Фамилия Холомкина встречается нечасто, что тоже говорит о её происхождении от конкретного прозвища, а не от массовой модели. Чем реже имя-основа, тем уже круг потомков. В документах XIX века такие фамилии фиксировались в основном в крестьянских и мещанских семьях, что подтверждает версию о простом сословии предков. Сегодня носители фамилии могут жить в разных регионах, но исторические корни ведут в центральную Россию, где имя Варфоломей было распространено благодаря церковному календарю.