Мужское крестильное имя Варфоломей в переводе с арамейского означает «сын вспаханной земли», «сын полей». В основу фамилии легла производная форма этого имени – Холомка (Варфоломей < Фоломей < Холомей < Холом < Холомка). Скорее всего, основатель рода Холомкиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Холомка, со временем получил фамилию Холомкина.