Фамилия Хомиджонов — редкая, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Ключ к разгадке лежит в основе «Хомиджон». Скорее всего, это не славянское, а иноязычное имя или прозвище, адаптированное русской моделью фамилии.

Самая вероятная версия связывает её с тюркскими или кавказскими корнями. В ряде тюркских языков «ходжа» (хозяин, наставник, господин) — широко распространённый титул и часть имени. Форма «Хомиджон» может быть искажением или диалектным вариантом имени Ходжа, с добавлением персидского компонента «джон» (душа, жизнь), который часто используется как ласковое обращение (например, Ходжаджон). Фамильный суффикс -ов указывает, что русское окружение оформило это имя по стандартной патронимической схеме: «чей?» — Хомиджонов, то есть потомок человека по имени Хомиджон.

Менее вероятна, но возможна связь с греческим именем Фома (Thomas), которое в южнорусских говорах могло приобрести форму «Хома». Тогда «Хомиджон» могло быть составным прозвищем (Хома + Джон), что маловероятно для традиционной среды. Поэтому тюркская версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России — к зонам активных контактов славянского и тюркского населения (Поволжье, Предкавказье, Дон). Предки носителей фамилии могли быть выходцами из татарской, башкирской или кавказской среды, которые обрусели и получили фамилию по имени своего предка. Важно, что в русском языке сочетание «дж» (передающее звук [дж]) — явный маркер заимствования: в исконно русских словах такого звукосочетания нет.

Суффикс -ов в конце — самый частый в русских фамилиях, он не несёт сословной окраски: такую фамилию мог получить и крестьянин, и мещанин, и казак. Но само исходное имя «Ходжа» указывает на то, что предок, скорее всего, был человеком уважаемым или грамотным — купцом, духовным лицом или учителем. Со временем написание могло упроститься: «Ходжаджонов» через «Ходжаджонов» превратилось в «Хомиджонов» — из-за неудобства произношения или ошибок писаря.