Фамилия Хомходыр — один из тех редких случаев, когда мы имеем дело не с русским, а с тюркским или монгольским по происхождению прозвищем, попавшим в русскую ономастику. В пользу этого говорит необычное для славянских языков сочетание звуков «х» и «д» в корне и отсутствие типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Скорее всего, перед нами застывшая форма тюркского прозвища, принесённого в русскую среду через контакты с народами Поволжья, Сибири или Средней Азии.

Разобрать основу можно по двум версиям. Первая, более правдоподобная: от тюркского «хом» (или «кум») — песок, пустыня, и «ходыр» (или «кодыр») — ходить, бродить. В этом случае «Хомходыр» — прозвище кочевника, «ходящего по пескам», то есть человека, ведущего подвижный образ жизни, пастуха или караванщика. Вторая версия: от монгольского «хом» — горный баран, архар, и «ходыр» — старый, матерый. Тогда прозвище могло означать «старый баран», что в скотоводческих культурах часто давали упрямым или уважаемым за опыт людям.

География фамилии, по скудным данным, тяготеет к югу Западной Сибири и Башкортостану — регионам, где исторически смешивались тюркские, монгольские и русские семьи. Встречаемость крайне низкая: в современных телефонных справочниках и базах данных она исчисляется единицами. Это говорит о том, что носители, вероятно, происходят из небольшого рода или одной локальной группы.

С точки зрения словообразования фамилия не получила русского суффикса, что необычно. В XVIII–XIX веках, когда крестьянам и инородцам массово присваивали фамилии, прозвища часто русифицировали, добавляя окончания. Сохранение «голого» корня указывает на позднюю фиксацию (возможно, в XX веке) или на то, что носители были из числа так называемых «инородцев», у которых фамилию записали в исходном виде. Поэтому у фамилии нет вариантов вроде Хомходыров — она существует в единственном числе, что делает её уникальной для русского фамильного ландшафта.