Фамилия Хомовненко звучит как типичное украинское образование, и это действительно так. Её выдает суффикс -енко, который в украинской ономастике означает «маленький» или «сын» (то есть «сын Хомовна»). В русских фамилиях эта модель встречается реже, а в украинской среде она была основной для формирования фамилий простых людей, казаков и мещан начиная с XV–XVI веков.

Основа фамилии — Хомовн(о). Здесь сразу два слоя. Первый — корень Хом- (производное от христианского имени Фома, в народной речи звучавшего как Хома). Второй — суффикс -овн-, который в украинских фамилиях встречается нечасто. Обычно фамилии на -енко образуются напрямую от имени отца (Хоменко — сын Хомы). Но в случае Хомовненко мы видим промежуточную форму: сначала от имени Хома образовали отчество или прозвище Хомовно (вероятно, с оттенком «тот, кто относится к Хоме»), а уже от него — «сын Хомовна».

Есть и другая, более прозаичная версия. В украинских говорах слово «хомовно» могло быть прозвищем, связанным с диалектным глаголом «хомоніти» — шуметь, галдеть, говорить невнятно. Тогда Хомовно — это шумливый, говорливый человек. В этом случае фамилия образована напрямую от прозвища: Хомовно → Хомовненко.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Слобожанщина), где фамилии на -енко особенно распространены. В российских переписях она встречается редко и, скорее всего, принадлежит потомкам переселенцев с Украины.

Социальный контекст здесь прост: фамилия недворянская, не священническая. Такие фамилии носили крестьяне и казаки. Никаких громких исторических личностей с фамилией Хомовненко не зафиксировано, что только подтверждает её «народное» происхождение — она фиксирует прозвище или отчество конкретного человека, жившего три-четыре века назад в украинском селе.