Фамилия Хонихоева — редкая и территориально привязанная. Её основа — мужское имя или прозвище Хонихой, а суффикс -ов (в женском роде -а) указывает на принадлежность: «чей?» — Хонихоев, то есть потомок Хонихоя. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от полных или усечённых личных имён, но здесь корень явно не славянский.

Скорее всего, фамилия имеет бурятское или монгольское происхождение. В бурятском языке «хонин» означает «овца», а «хой» может быть частью сложного имени или указанием на местность. Имя Хонихой могло быть дохристианским родовым именем, которое давали ребёнку по тотему (овца — символ плодородия и достатка у кочевников) или по внешнему признаку. В ономастике известны бурятские фамилии на -оев/-аев, но суффикс -ов говорит о том, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской традиции, когда бурятские имена записывали по-русски с патронимическим окончанием.

Географически фамилия Хонихоева встречается в Иркутской области, Забайкалье и Бурятии. Предки носителей этой фамилии, вероятно, были скотоводами или охотниками из бурятских родов хонгодоров или эхиритов. В XIX веке при переходе на оседлость и крещении бурят многие родовые имена закреплялись как фамилии — так Хонихой мог стать Хонихоевым, а его потомки — Хонихоевыми.

Есть и более прозаичная версия: Хонихой могло быть прозвищем русского старожила Сибири, которого дразнили «хонихой» за манеру говорить или за связь с бурятами. Но учитывая редкость фамилии и её звуковой состав, версия с бурятским корнем выглядит убедительнее. В любом случае, фамилия Хонихоева — маркер сибирского пограничья культур, где смешивались тюрко-монгольские и славянские традиции имянаречения.