Фамилия Хонкелдиев — редкий пример тюркско-персидского именования, адаптированного русской суффиксацией. Основа фамилии — составное мужское имя Хонкелди (или Хонкельды), которое распространено у узбеков, туркмен и каракалпаков. Разбираем его по частям: первая часть «хон» восходит к персидскому «хан» (правитель, владыка), вторая — «келди» от тюркского глагола «кел» (приходить, прибывать). В буквальном смысле Хонкелди означает «хан пришёл» или «хан прибыл». Такие имена давали мальчику, родившемуся в момент, когда в семью или аул приезжал важный гость, либо в честь возвращения отца из похода — как пожелание, чтобы ребёнок был желанным и значимым, как правитель.

Фамильный суффикс -ев указывает на русскую модель оформления. В XIX–XX веках, при включении среднеазиатских народов в состав Российской империи и позже в советский учёт, многие местные имена получили русские окончания -ов/-ев для паспортной записи. Так Хонкелди превратилось в Хонкелдиев — «сын Хонкелди». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Хонке́лдиев, хотя в устной речи возможны варианты.

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, особенно к Хорезмской области и Каракалпакстану, а также к южным районам Туркменистана. В России встречается крайне редко, в основном среди потомков мигрантов из Центральной Азии. Интересно, что однокоренные фамилии — Ханкелдиев, Ханкельдиев — встречаются чаще, но именно форма «Хонкелдиев» сохраняет более архаичное произношение с узбекским диалектным «о» вместо литературного «а».

Социальный статус предков определить сложно: имя Хонкелди не было исключительно аристократическим, его давали и простым крестьянам, и ремесленникам. Однако присутствие компонента «хан» в имени могло указывать на уважаемый род или на то, что семья имела отношение к местной знати, пусть и на уровне аула. Никаких известных исторических деятелей с такой фамилией в открытых источниках не зафиксировано — это сугубо родовая фамилия, живущая в частных генеалогиях.