Фамилия Хонхушкина — редкий случай, когда географическая привязка прямо указывает на вероятное происхождение. Носители фамилии, судя по архивным записям и данным переписей, почти поголовно встречаются в двух регионах: в Республике Коми и в соседней Архангельской области. Это заставляет сразу отбросить версии о случайном или искусственном происхождении и обратиться к финно-угорскому субстрату русского Севера.

Основа фамилии — «Хонхушк(а)». Суффикс «-ушк(а)» в русских говорах часто образует уменьшительно-ласкательные или пренебрежительные формы личных имён (Ванюшка, Марушка) и прозвищ. Но корень «Хонх-» для славянских языков нехарактерен. Скорее всего, перед нами адаптация коми-зырянского слова или прозвища. В коми языке есть слово «хонь» — «сова» (в некоторых диалектах — «филин»). Составное слово «хоньхушка» могло означать «совёнок» или «совушка» — ласкательное прозвище для ребёнка с большими глазами, круглолицего или, напротив, нелюдимого, как филин. Суффикс «-к(а)» в этом случае уже не русский уменьшительный, а часть заимствованного слова-основы.

Фамилия образована по продуктивной русской модели: основа на «-а» → притяжательный суффикс «-ин» → окончание «-а». То есть Хонхушкина — «дочь (или жена) Хонхушки». Мужской вариант — Хонхушкин. Обратите внимание на суффикс «-ин», а не «-ов»: он типичен для фамилий, образованных от слов женского рода (на «-а»), и здесь это не грамматический казус, а прямое указание на то, что прозвище Хонхушка могло относиться к женщине или было формой, закрепившейся за конкретным человеком в родительном падеже.

Версия о том, что фамилия происходит от названия деревни или речки, менее вероятна: топонимов «Хонхушка» на карте нет. Зато в Коми крае бытуют фамилии с похожими корнями: Хоня, Хонин, Хонькин. Хонхушкина стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса, который сохранил память о конкретном прозвище, а не просто о родовом имени. Социального статуса первых носителей мы не знаем — это могли быть и государственные крестьяне, и оброчные охотники. Ясно одно: предок нынешних Хонхушкиных жил на северо-востоке Европейской России, в зоне контакта русского и коми населения, и получил прозвище, которое звучало понятно и по-коми, и по-русски.